1- يعاقب كل من لم يتقدم بطلب التسجيل خلال المدد المحددة في اللائحة بغرامة مقدارها (10.000) عشرة آلاف ريـال.
2- يعاقب كل من قدم إلى الهيئة إقراراً ضريبياً خاطئاً، أو قام بتعديل إقرار ضريبي بعد تقديمه، أو قدم أي مستند إلى الهيئة يخص الضريبة المستحقة عليه ونتج عن ذلك خطأ في احتساب مبلغ الضريبة أقل من المستحق؛ بغرامة تعادل (50%) من قيمة الفرق بين الضريبة المحتسبة والمستحقة
3- يعاقب كل من لم يقدم الإقرار الضريبي خلال المدة التي تحددها اللائحة بغرامة لا تقل عن (5%) ولا تزيد على (25%) من قيمة الضريبة التي كان يتعين عليه الإقرار بها
4- يعاقب كل من لم يسدد الضريبة المستحقة خلال المدة التي تحددها اللائحة بغرامة تعادل (5%) من قيمة الضريبة غير المسددة؛ عن كل شهر أو جزء منه لم تسدد عنه الضريبة
5- يعاقب غير المسجل في حال قيامه بإصدار فاتورة ضريبية بغرامة لا تتجاوز (100.000) مائة ألف ريـال، وذلك دون الإخلال بأي عقوبة أشد ينص عليها أي نظام آخر.
6- يعاقب بغرامة لا تزيد على (50.000) خمسين ألف ريـال، كل من:
- لم يلتزم بحفظ الفواتير الضريبية والدفاتر والسجلات والمستندات المحاسبية خلال الفترة المنصوص عليها في اللائحة، وتكون الغرامة عن كل فترة ضريبية.
- منع أو أعاق موظفي الهيئة أو أي من العاملين لديها من أداء واجباتهم الوظيفية.
- خالف أي حكم آخر من أحكام النظام أو اللائحة.
كما بين النظام أنه يجوز تضمين القرار الصادر بالعقوبة النص على نشر منطوقه على نفقة المخالف في صحيفة محلية تصدر في مقر إقامته، فإن لم تكن في مقره صحيفة ففي أقرب منطقة إليه، أو نشره في أي وسيلة أخرى مناسبة، وذلك بحسب نوع المخالفة المرتكبة وجسامتها وآثارها، وبعد اكتساب القرار الصفة القطعية.